非常勤役員の年末調整

お考えの通りになります。
奥様の場合には他社からの給与が「甲欄」での源泉徴収になり、ご主人の会社からの給与は「乙欄」での源泉徴収になります。そのため、年末年始できるのは甲欄適用の他社になります。
そして、両者の源泉徴収票を基に確定申告して年税額を精算することになります。

ありがとうございます。
妻の分を甲で納付してしまいました。
(納期の特例で7月納付)

この場合、次回差額分合わせて支払えばよろしいでしょうか。

お考えの方法でも宜しいと思います。
会社は源泉徴収義務者になりますので、乙欄適用者の場合には本来は乙欄の源泉税を徴収する必要（義務）がありますのでご留意ください。