非居住者なのに、居住者として源泉徴収されていました

似たご質問に回答を付けていますので、こちらも参照ください
9/29投稿「海外在住フリーランスの消費税請求と確定申告」

先ず基本として、非居住者の日本での納税義務は、国内源泉所得のみです、これについて、源泉徴収対象であれば源泉徴収をされた上で、その後は原則として、確定申告が必要な場合には非居住者として確定申告を行います

住民票があるということは、形式的には居住者であることが前提なのですが、実際は届出するだけなので（また直ぐに抜ける）ので、住民票と（所得税の）課税上の居住者とは直接リンクはしていません、また、実際も住民票がないと印鑑証明を取得できないので、利便性から住民票は抜かないという方も多いです、

一方、住民税の課税に当たっては、住民票があることが前提（居住者）なので、実態が非居住者で住民票があるというケースだと、地方自治体は課税の方向に動くので、国内源泉所得があると面倒くさいです（窓口折衝が必要かも）

上記を基本認識とされた上で大まかな区切りとしては、
・日本非居住者：源泉徴収+日本国内所得分の確定申告（住民税は課税されません）
・帰国後（日本居住者）：全世界所得分について、日本で確定申告（住民税も課税されます）

源泉徴収（非居住者源泉20.42％）は、あくまで税金の仮払なので、居住国での確定申告時に日本で納税した分は、原則として、二重課税排除の為に、税額控除の仕組みが有るはずです（居住国の税制・租税条約の要確認）

丁寧なご回答ありがとうございました。以前の回答も参考にさせて頂きます。

度々の質問になってしまい恐縮なのですが、1月1日の時点では既に住民票が日本に戻っていたことを考えると、去年分の住民税を払う必要があったのに払わずに出国してしまったということでしょうか？日本国内での去年の収入は、例の会社との取引のみで20万円程度でしたが、海外での収入も含めると結構な額になります。3月の出国後にこちらの国でその分については税金を収めました。

帰国は来年の夏か秋を考えています。なので、今年日本のクライアントから頂いた、源泉徴収されていない分の確定申告は居住国から行うつもりです。おっしゃっていることを考えると、今のうちにどうにか住民票を抜いて、来年帰国後に改めて住民票を戻すのがいいかと感じますね。

住民税の課税時期については、別途、私が回答した質問があるのでご参考にしてください（度々ですいません）9/14投稿「海外から移住した場合の住民税の発生時期」

ご質問の件、私の方で時系列の整理が出来ないのですが、下記頂けませんでしょか？
・出国年
・帰国年（予定？）
・ご質問の所得の帰属年
・住民票取得日

時系列をはっきりと明記せず申し訳ありませんでした。以前の質問も参考にします。

一時帰国したのが2019年12月初め
住民票を取得したのが同年12月中頃
出国したのが2020年3月です。
帰国予定は2021年の7月から11月頃です。

質問対象の収入の帰属年がごちゃごちゃになっていましたね。こちらも重ね重ね申し訳ありません。
最初の質問では主に2020年（とそれ以前）に帰属する収入に関しての質問でしたが、次の投稿の前半部分は、2019年に帰属する収入に関してです。2020年1月1日に日本に住所があったということで、2019年の全世界の収入に対して住民税を払う義務があったのに払わずに出国してしまったのかどうか、というのが疑問点です。

後半部分は2020年帰属分に関してで、こちらは今年の段階で住民票を抜いておけば、来年の確定申告が楽になるという解釈で正しいかどうか、という質問です。

お手数おかけして大変恐縮です。

一時帰国というのは、日本の非居住者→日本の居住者に変わったということでしょうか？、それとも、単に非居住者だけど日本に帰国（短期滞在）したということでしょうか？

非居住者→居住者という前提で回答します
■2020年の住民税について
1/1時点で国内に住所（本質的には住民票の有無は関係がなく、居住者であるということ）があるので、住民税が課税されます、ここで課税されるのは2019年の所得のうち国内源泉所得分についてだけ（正確には、帰国前の国内源泉所得+帰国後の全世界所得）です、また、2019年分の所得税の確定申告（あるいは年末調整）をされていれば、特段住民税側で何もする必要は無いです、

■2021年の所得税について
3月に出国されていますので、所得税について、出国（3月までの）準確定申告を行います、また、出国後の期間分は、非居住者として必要な部分のみ確定申告を行います

■2021年の住民税について
2021年1月1日時点において、日本に住所が無い（日本の非居住者）ので、2020年所得についての住民税の納税・申告はありません

上記を踏まえて
Q1：【2020年1月1日に日本に住所があったということで、2019年の全世界の収入に対して住民税を払う義務があったのに払わずに出国してしまったのかどうか、というのが疑問点です。】
A1：上記“■2020年の住民税について”を参照頂ければと思いますが、課税漏れは無いのではないかと思います、

Q2：【2020年帰属分に関してで、こちらは今年の段階で住民票を抜いておけば、来年の確定申告が楽になるという解釈で正しいかどうか】
A2：税の観点では、住民票は抜かれた方が良いと思います、ただ、実質が非居住者であれば、形式（住民票があるというだけ）だけで課税は出来ないと個人的には思います、まぁでも窓口レベルでは揉めるでしょう、
そういう意味では、1/1時点で住民票も抜けていて非居住者であれば、住民税課税自治体は何の文句も無いはずですからね（課税しようとも思わない）

本当にありがとうございました。不安になっていたことがほぼ全て解消されました。
ご質問にお答えすると、恒久的な帰国を目的に帰国し、12月から1月まではマンスリーのアパートを借りていたので、住民票を戻してそこにしました。が、不測の事態が発生し、出国せざるを得なくなったので3月に出国しました。ですので、一度は居住者になったという解釈で正しいと思います。

ここまで丁寧にしていただいて誠に恐縮なのですが、最後に一つだけ...。

【また、2019年分の所得税の確定申告（あるいは年末調整）をされていれば、特段住民税側で何もする必要は無いです】

ここなのですが、日本では確定申告や年末調整などはしませんでした。2019年の海外の収入に関する税金は、申し上げた通り現在の居住国で今年の4月に納めましたが、日本でも確定申告をする必要があるということでしょうか？

んー、2019年の所得税については、日本で申告すべき所得がなく確定申告義務が無いということなら、勿論必要はないです、

つまり、帰国前の国内源泉所得+帰国後の全世界所得が無いということ、です

ただし、住民税に限っては、上記収入があれば（基礎控除以下でも）申告する必要があります