含み益(損)、利益確定の際のそれぞれかかる税金について

法人か、個人か、で異なりますが、個人前提で記載します。
基本的には、
・取得資産が値上がり（値下がり）した場合の含み益、含み損は課税されません
・確定した利益については課税されます。

ありがとうございます
例えば２つ株があり、片方がプラス900万の益、片方がマイナス1000万円の損をしている状態で
プラス900万を利確してしまうとその分の税金を支払う必要がありますか？

口座への振込は合算でマイナス100万になるかと思われますが
それでも課税されますか

何卒よろしくお願い申し上げます。

購入価額と売却価額の差分が「売却益」として課税されますが、売却益が900万円で確定した（実際に売った）のであれば、その20%が源泉徴収されるはずです（詳細は口座を開設されている証券会社に確認いただくのが宜しいかと思います）。
同じ証券口座で売却損が確定すれば、その年度において既に源泉された税額の中から還付されてくるものと思います。
ですので、年間通じた合算で利益がマイナスになる場合は課税されないものと思います。
なお、還付しきれない部分（上記設例でいうところの100万円）は次年度に繰り越すことで節税効果があります。