住宅を売ったので、3000万円控除を申請したいです。

まず、確定申告はお二人がそれぞれで行う必要があります。
土地も建物もお二人の共有で、売却時まで住んでいらした場合には、お二人とも3,000万円の特別控除が使えますので、税金はかかりません。しかし、所定の書類を添付した確定申告書を提出しなければ、この特例は適用できませんのでご注意ください。
一番スムーズな方法は、売買契約書と住民票(売却した物件の所在地のもの)を持って、早めに税務署に行かれることです。3月に入りますと税務署も混み合いますので早めが良いです。
なお、所得税等はかからなくても、健康保険料は上がると思いますのでご留意ください。
以上、宜しくお願いします。

ご返信ありがとうございます。

今回申告をしないと、逆に６００万円に対する税金を徴収されるということでしょうか？
税務署は、私が家をいくらで売却したなどの情報は把握しているのでしょうか？

また、売買契約書と住民票を持っていき、税務署で申告書に記入するということでしょうか？

不勉強で申し訳ありませんが、よろしくお願いします。

ご連絡ありがとうございます。
3000万円特別控除の適用要件は「確定申告をすること」となっております。
下記サイトの「4」をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm

税務署から指摘されてからでも3000万円の控除はできますが、その場合でも確定申告をしなければなりません。

不動産の売買が行われますと、法務局から税務署に売買の登記情報が伝達されますので、税務署は売主と買主の情報を入手しています。そして、税務署は買主側にも次の内容の照会を文書でしています。
「いつ・だれから・いくらで、不動産を買いましたか。」
このような文書照会から、いくらで売却されたかの情報をつかんでいる可能性はあります。

後段の回答は、ご自身で申告書を書かれるのであれば、わざわざ書類を税務署に持ち込む必要はありませんが、確定申告期間中は税務職員や税理士が申告書の作成支援をしておりますので、もし申告書の作成方法が分からない場合には関係書類を揃えて税務署でご相談することが可能ですという意味になります。
その場合には、①売却時の売買契約書、②住民票、のほか、③売却物件の登記簿謄本、④売却時の諸費用の領収書、⑤売却物件の購入時の売買契約書、などが揃っていると非常に良いと思います。

以上、ご参考になれば幸いです。

ご返信ありがとうございます。

税務署は、私がいくらで住宅を購入したという情報も持っているのですよね？
そしていくらで売ったという情報も持っている可能性があると。

例えばの話ですが、
申告せずに、スルーすることはできるのでしょうか？
例えば、ハガキに数字をごまかして記載するなど。
どのくらいの割合で指摘されるのでしょうか？
例えばの話です。

ここで聞くことではないかもしれませんが、
よろしくお願いします。

ご連絡ありがとうございます。
税務署が売買価額に関する情報を持っている可能性はあります。
申告せずにスルーする可能性は極めて低いとは思いますが、全くないとも言い切れません。
これらのご質問に関しては、この程度の回答でご容赦ください。
ハガキに嘘の記載をすることはいかがかと思います。
宜しくお願いします。