棚卸しの最終仕入原価法について

最後に仕入れした商品は810円の商品で最終仕入原価法での計算ですと、810×50で40500円になります。残った在庫の仕入れ価格と10万円程の差があるのですが、期末棚卸高は40500円で問題ないのでしょうか？

→届出による選定を行っていない場合の所得税法上の法定棚卸評価は最終仕入原価法なので問題ありません。
最終仕入原価法はある意味税法特有の評価方法ですから、ご記載のように実際の金額と乖離することは普通にあり得ます。
期末棚卸資産は翌年の期首棚卸資産になりますので、連年でみれば売上原価がならされるという考え方によるものと思います。

またこういった場合は何か他のやり方などあるのでしょうか？

→前年分までの変更のやりようはありませんが、今年分からであれば「所得税の棚卸資産の評価方法の変更承認申請手続」により変更することは可能です。但し、承認申請なので税務署長の承認えお受けられることが前提です。
詳細は以下をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/20.htm

お忙しい中、ご回答いただき疑問に思っていた事が解消され大変助かりました！
ありがとうございます！