高速道路利用での通勤手当の課税・非課税判断

自動車や自転車などの交通用具を使用している人に支給する通勤手当は、通勤距離によって非課税となる限度額が決まっています。
通勤距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合は１カ月当たり12,900円ですので、１カ月のガソリン代と往復の高速料金がこの金額に納まるのであれば（給与所得が）非課税となります。

ご回答ありがとうございます。
ガソリン代は12,900円におさまっています。

国税庁のホームページを見ますと、通勤に高速道路を利用する場合は「交通機関又は有料道路を利用するほか、交通用具も使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券」に当てはまると思います。
その場合、「1か月当たりの合理的な運賃等の額と2(通勤距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合は１カ月当たり12,900円)の金額との合計額
（最高限度　150,000円）」が非課税となるとのことです。

そこで気になるのが「最も経済的かつ合理的な経路および方法」であるかどうかという点です。高速道路を利用した通勤が合理的であるかどうかが課税となるのか非課税となるのかの判断材料になりますが、だれの判断を仰いだら良いでしょうか？

これまで事業主の許可に基づき非課税と判断していますが、大丈夫でしょうか？

「1か月当たりの合理的な運賃等」とは、「交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当」に当たる場合ですので、有料道路を利用する場合の「合理的な」判断とは、「通勤時間の短縮」（交通機関と違って経路はあまり問題にならない）ぐらいしかありません。したがって、有料道路を利用することによって何十分も短縮できるのであれば、非課税として取り扱われます。
自らそれを説明できるのであれば問題にはならないと思われます。
ただし、「合理的な」には、実際に有料道路を利用していることが含まれますので、利用履歴を求められることがあります。

ありがとうございます。

有料道路は実際に利用しており、利用履歴もカード明細に残っていると思います。

今一度質問させてください。
有料道路を使うことにより、通勤時間が20分程度短縮されていますが、それを理由に合理的と主張しても大丈夫でしょうか？
事業所への税務調査などにより、合理的ではないとして過去分も課税対象になることはありえますか？

合理的との判断の基準が分からないので、正しく確定申告しているつもりでも、実は間違っていたということを避けたいと思っています。

もし今の状況が合理的ではないなら、高速道路利用をやめることや今までの高速道路利用分の料金を給与として修正申告する必要を考えています。

いかがでしょうか。

税法上「合理的な」という表現がいたるところにありますが、明確な基準は設けられていません。合理的な判断はケースバイケースなので、基準を定めることは当然のことながらできません。
したがって、誰が見ても「不合理でない」という点が「合理的な」判断になると思われます。
２０分短縮できるのが証明できれば（ルートを説明すれば可能だと考えられます）問題ないと思われます。

何度も質問してしまい申し訳ありませんでした。
安心しました。ご丁寧にご回答いただきましてありがとうございました。