住居取得資金贈与の確定申告漏れについて

贈与を受けたのが昨年であった前提で回答します。
住宅ローン控除は所得税の確定申告、住宅取得等資金贈与は贈与税の確定申告、全く別物です。
税務署とどのようなやりとりをされたのかわかりませんが、ご記載の通りであれば300万円は暦年贈与となり基礎控除110万円超で無申告状態になっていますから、贈与税（所得税ではありません）の期限後申告が必要です。

「所得税の確定申告」と「贈与税の申告」は別のものです。
今回すべきは、「贈与税の申告」です。

所得税は正しく申告していれば、訂正不要、金額が変わらないのは当然です。
ただ、数年前、会計検査院が、住宅ローン控除の対象の借入金残高と贈与税の住宅資金の贈与金額が、土地建物の取得価額を超えている申告が見受けられると指摘していましたので、税務署は勘違いでこの部分を確認しただけかもしれません。

必要なのは、贈与税の申告です。

回答ありがとうございます。
追加で質問させてください。

今回の場合、住宅取得の贈与による非課税にはできなくなり、単純な贈与税の期限後申請が必要ということでしょうか。
住宅に関わる資料の準備が不要になったのかな、と感じています。

住宅取得等資金贈与の非課税の特例は期限（令和5年3月15日）内申告が要件なので適用できません。
暦年贈与の期限後申告になります。