親子リレーローンを親だけで完済した場合

下記回答いたします。

ローンの総額が2100万円とします。この場合返済の割合は父1200万、息子900万円になると思います。
もし父が一人で2100万円全てを返済した場合、息子に対して900万円分の贈与が発生したという認識で良いのでしょうか。


ご認識のとおりで、建物の持分割合と異なることになる場合には贈与税が発生します。
今回のケースでは頭金をお母様が支払い(持分3/10)、ローンの総額をお父様が支払うことになる場合(持分7/10)、息子様は負担なくして建物の持分3/10を手にすることとなり、仰るとおり900万円は贈与税の課税対象となります（正確には基礎控除の110万円を控除した残額に対して課税）。

贈与を発生させないようにするために父の口座から息子の口座に毎月ローン分を入金し、そのまま息子が支払う場合は年間１１０万以内なら課税はないと考えてよろしいでしょうか?


息子様の口座からローンを払う場合でも、資金の出処がお父様であれば実質的にお父様→息子様への贈与とみなされるため、贈与税の課税対象となります。
特にリレーローンをお父様が一括繰り上げ返済した場合は、その時点で息子様に対する900万円の贈与が成立し、贈与税が発生するため注意です。
ローン返済を継続しつつ、息子様に渡す金額が年間110万円以下であれば贈与税の課税はありませんが、連年贈与とみなされないために毎年の贈与契約書の作成・保管は行うことをお勧めいたします。

ご参考に宜しくお願い致します。