住宅購入の際の贈与について

ご質問の趣旨が分からない点もありますので、それを前提で回答します。
まず、配偶者の父（義父）からの贈与は、あなたは義父の直系卑属に該当しませんので、そもそも住宅資金贈与の非課税の適用は受けることができません。したがって、義父からの資金援助の250万円があなたへの贈与だとすると、これに対して贈与税がかかります（暦年贈与の計算では（250万円ー110万円）×0.1＝14万円）。
仮に、義父からの資金援助が貸付であるならば、これは贈与ではないので、贈与税の申告は一切必要ないことになります。
では、義父からの資金援助が贈与なのかそれとも貸付なのかは、当初のお金を交付した時の約束の内容（両当事者の意思が、あげた、貸したのどちらか）によって決まります。贈与契約、貸付（金銭消費貸借契約）のいずれも書面で作成することは要求されていませんので、当初に書面がなくても問題ありませんが、事実関係を明らかにし、後日の証拠とするために、今からでも書面を作成しておいた方がよいと思います。質問者の申立て内容からは、いまひとつ贈与なのか貸付なのかははっきりしていませんが、義父の意思はどうなのでしょうか、再度確認してはどうでしょうか。その上で、義父の意思も踏まえて、贈与なのか、貸付なのかを決定すべきものと思われます。ただし、ここで一つ気になる点があります。返済は、妻が働きだしてからその給与から返済するという内容です。とすると、もしかしたら、義父としては、娘である妻への貸付なのか、贈与なのかということも考えられます。おそらく、質問者は、住宅取得控除を満額受けるために、マンションの名義をすべて夫名義としたと思われますが、仮に義父から妻への贈与又は貸付ということであれば、そもそもマンションに妻の持分がないのはどうしてかという問題が生じます（妻から夫への贈与？）。義父から妻への贈与又は貸付であれば、正しくは、夫持分（5010万円ー250万円＝4760万円分）、妻持分（250万円分）と登記すべきだったのかもしれません（この場合、妻が父から受けた住宅資金贈与については非課税の適用がありますが、妻は収入がないため住宅控除は受けることができません。なお、質問者の住宅控除額にも影響があるかもしれません。）。もし持分を今から直す（更正登記）としても、費用がかかりますし、慌てて登記を直すと税務署から贈与との指摘がされるかもしれません。いずれにしても、まずは義父の意思を確認してから対応すべきかと思いますが（義父に全額返金することも検討しているようですので、資金的には問題ないように見えますので、当初を貸付としてみて、全額返済して問題を整理しておくのも一つかと思います。）、年内に登記を直すのであれば、一度事前に税務署の窓口で相談した方が確実です。