夫が，妻の会社に運転資金5000万円を貸した場合

回答します。
金銭消費貸借契約書を正規に法人との間で作成し、返済金額、利息を契約に織り込み、そして、キチンと返還してください。
あくまでも金融機関から借入したように手続きを行い、それが明確になるようにすることが必要です。

早速のご回答，ありがとうございました。
ついでの質問で申し訳ございませんが，返済金額や利息についての規定はありますか？
また，法人の返済が困難な場合は，どのように対処すればよいでしょうか？

通常、金融機関が貸付けする金利を利用すべきです。それを参考に7掛け程度なら認められると考えます。
返済困難なら借入しないか、出資金として処理するしかないと考えます。