税務調査後の「修正申告」「更生・決定」の違い

修正申告は、納税者が自主的に、あるいは調査官の指摘を受けて誤りを訂正することをいいます。
更正・決定は、税務署が誤りを訂正する行政処分をいいます。
税務調査があり、誤りが発見されると、納税者に修正申告を勧奨しますが、納税者が納得いかない場合は修正をしませんので、税務署が更正・決定をすることになります。

　国税ＯＢ税理士です。税務署では、主に税務調査を担当しており、そのうちの１８年は、特別国税調査官として高額な事案の税務調査に携わっておりました。
　ご質問ですが、税務署の調査官が税務調査を行って非違事項（申告漏れや修正すべき事項）があると、
①その非違事項について、納税者（税理士）に調査結果の説明を行います。
②その非違事項について、修正申告を行う意思確認を行います。（修正申告に対する同意）
③同意したら、「修正申告書の提出」を勧奨します。
④修正申告の提出に同意しなかった場合には、「更正・決定」を行います。

※何が違うかというと
①修正申告は、非違事項について納得をして提出するものなので、増加する本税額に対する「異議申し立てができません。」
②公正・決定は、納税者が納得しているかしていないに関らず、税務署長が行う行政処分なので、増加する本税額について「異議申し立てを行うことができます。」

異議申し立てができるかできないかの差が、違いです。

　税務署内部のことがわからない税理士も多いですので、当たり前のようですが、あなた様の質問内容について、国税通則法という法律に規定がありますが、理解をされていない税理士も多いのが現状かもしれません。