相続税　税務調査　相続人父と被相続人母　預金の出し入れ　

修正申告書の提出もしくは税務署からの更正決定なく、名義預金としての追徴課税が生じるのはおかしいです。
ご相談者様が依頼された税理士先生の手元には絶対に何らかの書類がありますので、お聞きになられた方が良いと思います。
税理士先生に応じてもらえないのであれば税務署の調査官に直接お聞きになられた方が良いです。

国税庁発表の「税務調査手続きに関するFAQ」では、税務調査の結果、修正すべき事項があったときには、調査官は納税者が正しく理解できるよう十分な説明を行うとともに、納税者から質問等があった場合には分かりやすい説明に努めなければならいとされています。
万一、その説明等が一切ないとなると調査手続きの瑕疵を問うことになると思われます。
仮にその説明等が関与税理士に行われたのであれば、関与税理士から詳細の説明があるべきと考えます。
下記サイトの「４．調査終了の際の手続」をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/about/organization/osaka/chotatsu/buppin/04/nyusatsu/280118ippan02.htm

更正処分で無い場合には修正申告書を提出しているはずですが、修正申告書に押印はされていないのでしょうか。相談者様やお母様が押印なさっていない場合、その修正申告書はどのように提出されたのかも疑問に思います。
更正処分であれば更正通知書が、修正申告であれば修正申告書の控えがあるはずですので、関与された税理士さんに確認された方が宜しいと思います。
宜しくお願いします。

　記憶をさかのぼると、私が、税理士から電話を受け、印鑑と700万円を用意して、来るようにと言われたので、母と一緒に税理士事務所へ行きました。「12月の中旬で年も迫ってきており、加算税、延滞税が増えるより」は、と言われ、印鑑を押したかもしれません。
　しかし、納税額は、800万円を超える金額で、おかしいと言ったら、加算税や延滞税が入っていなかったといい、預金の個別については、聞いていません

修正申告書を税理士事務所にて作成しているのであれば、名義預金とされた明細を持っているはずです。
税理士はあくまで代理人として申告書の作成・税務交渉を行っている立場ですので、納税者は申告内容を知る権利はあります。
是非聞いてみてください。

　追記します。印鑑は、押したかもしれませんが、修正申告書の修正事項の説明は、「母と父の預金の出し入れが、税務署から名義預金とされた」と言われただけで、具体的にこの日のこの金額がそれに当たるという指摘は、税理士から一切受けていません。のみならず、修正申告の本体、控えも一切受け取っていません。今年の2月に入って、税務署の担当官から連絡があって、税金を取りすぎたから返したいと言ってきました。

　多分、名義預金とされた中に、贈与の時効になっていたものが、入っていて、返したいと言ってきたのだと思います。まずは、名義預金された明細表を見せて説明するのが筋だと思います。
　この預金通帳は、父と母の預金のやり取りであり、隠すべき理由が存在しないと思います。
　隠して全体額だけを言って、こちらに払えというのは、納得できません。

お母様のどの預金が名義預金として相続財産と認定されたのか、その根拠がなければ修正申告はできないはずです。
藤本先生も仰る通り、その根拠と明細は税理士さんのところにあると思いますので、修正申告書の控えと一緒に提示していただくのが宜しいと思います。税理士さんにはその説明義務がありますし、修正申告書の控えは納税者に返却されるべきものです。
修正申告をしてしまった以上は税務当局への不服申し立て（審査請求）は残念ながらできませんので、税理士さんとの協議になると思います。

　最後に、教えてください。
　税務調査のときに、税務官が相続とは関係ないことを母や私にいろいろと聞いてきたのに対し、「今回の調査目的はは、預金の出し入れ」と事前に言っておきながらその一番大事なところで、「父母の預金の出し入れの具体的なところを書類で見せてくれて」と私が言ったのに対し、税務官が、それを拒み、税理士にだけ書類を見せたことは、職務違反ではないのでしょうか。
　なおかつ、税理士が、その預金の出し入れについて、具体的に話をせず、修正申告を進めてことは、税理士の職務に違反していませんか。その税理士は、申告の時にも、相続税の申告書を見せてくれず、税理士報酬を支払った1週間後に、申告書を送ってきました。
　税理士を職務違反で訴えることはできませんか。
服部先生、藤本先生よろしくお願いします

下記の「事務運営指針」第2章の「4．調査終了の際の手続き（2）」をご覧ください。
https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/sonota/120912/index.htm

事務運営指針は、国税の内部事務を行うにあたって国税職員が守るべき統一的なルールです。
そして、国家公務員法第98条（法令及び上司の命令に従う義務並びに争議行為等の禁止）では、「職員は、その職務を遂行するについて、法令に従い、且つ、上司の職務上の命令に忠実に従わなければならない。」とされています。
税務調査の現場で事務運営指針が守られていなければ、極端な言い方をしますと国家公務員法違反といえます。
しかし、この論法は、私共では調査が進行している中での交渉材料として使っているものです。調査が終了し結論が出て、しかも修正申告書が提出されている状況ですと、そのときの録音等の証拠が無い限り「言った、言わない」の世界になってしまうのではないかと懸念します。

税理士さんの対応に関しては現場を見ておりませんので何とも申し上げられませんが、税理士さんの対応に疑問をお持ちの場合には、税理士会の綱紀監察課（苦情相談室）に相談されるか、弁護士さんにご相談されるのが宜しいと思います。
税理士会に相談される場合には依頼した税理士さんが所属する税理会になります。
以上、宜しくお願いします。