税務署調査で口座入出金できない

税務調査で口座を差し押さえることはないです。
個人事業であれば、口座の入出金は事業者の自由なので、調査を理由に資金を止めるということは通常考えにくいと思います。

ご質問に回答いたします。
税務署に問い合わせをされても、まだ、不安ということなのでしょうか？
税務署は、個別具体的な事項については、守秘義務というものがあり、納税者本人以外には、基本的には答えてくれません。（委任状があれば別ですが）
つまり、税務署は質問者さまのお尋ねを一般的な事項として答えたのだと思います。
税務署は、国税庁のホームページから「組織図」⇒「税務署の機構」の順にご覧いただければ、組織が細分化されていることがお分かりになります。一般的な会社での「～課」というものを「～部門」と言っています。
税務署で調査を行う「部門」は所得税では「個人課税部門」、法人税では「法人課税部門」で行っています。
ここでいう「調査部門」とは提出された申告書の内容が正しいか否かを確認するために「調査」を行います。それにより誤りがあれば具体的な納税額が決まります。具体的な税額を決めるだけで「現金」や「預金」をその場で差し押さえたりすることは出来ません。
そして、一般的にいう「差押え」を行うのは「徴収部門」となります。
「調査」という過程を経ずに「申告税額」が変わることはありません。当初申告した税額が期日までに収められていなければ、税務署から連絡がくることはありますが、その場合でもいきなり「差押え」をすることはありません。
「調査」にしろ「徴収」にしろ税務署の職員は身分を明かしていますので、「誰」が担当者かを尋ねれば「彼」が本当のことを言っているのかは推測はつくと思います。それが、ご質問に対する正解かどうかは、ご質問者がお決めになることだと思います。