第二次納税義務者となり差押中

これは大変ですね。専門家なしでは戦えないと思います。
私からは以下しかアドバイスできません。
①東京税理士会の納税者支援センターに状況を相談してみることから始める。または
②ネットで「租税訴訟　会計事務所」とキーワードを入れて、このような問題を専門に扱う会計事務所にコンタクトする
ただし、いずれにせよ、費用が少なからずかかります。　お力になれずすみません。

税務署は、争いになることがわかっている場合、何らかの根拠を基に戦っても勝てる場合でなければ強引なことはされなくなってきた印象があります。

踏まえて、納税義務をすべて代替して負担した場合を想定してみる。
その場合、いま、全額払うのと、今後、争いの上、業務に従事できなくなる時間等機会損失を想定し、さらに、遅延した分の延滞税等検討した上で、仮に、理不尽であっても払ってしまう、というのは一案かと思います。

その分、本業で稼ぐ、ということでも良いのかと存じます。

お父様がされたことはすべてわかるわけではありませんし、ご説明もいただけないのかと思います。争いになれば、知らなくても良いことを知ってしまうかもしれません。もちろん、不当なこともあるのかもしれません。
ただ、会社経営者としては、国税庁のやり方に云々で振り回され、精神的、また、時間を奪われる状態は避ける必要があり、この点だけでも、支払ってしまえば事業に専念できます。

一旦、支払ってしまったうえで、事業に支障が出ない環境を整えてから、改めてお父さんに状況を聞いてみる等したうえで、改めて、事後的に採れる手段を検討する、というのもよろしいのかとは存じます。