過大役員報酬とみなされた場合の処理について

こんにちは。

適正額は1000万だとされた場合

役員賞与2000万を社外流出加算している状態で、損金計上1000万が適正という意味でしょうか。

法人税上は「適正額1,000万円を超える部分」が損金不算入となります。

今回のケースでは、
役員報酬　1,000万円（定期同額給与）
役員賞与　2,000万円
合計　　　3,000万円

に対し、税務署が「適正額は1,000万円」と認定した場合、税務上認められる役員給与は1,000万円までとなります。

したがって、
役員報酬1,000万円 → 損金算入
役員賞与2,000万円 → 損金不算入

という結果になり、実務上は法人税申告書の別表四で2,000万円を加算する修正申告となるケースが一般的です。

会計上は既に「役員報酬」「役員賞与」として費用計上されていますので、通常は過年度の会計仕訳を修正するのではなく、税務調整で対応します。

初めから役員賞与2000万は損金算入していない場合、何かしらの追徴課税がありますでしょうか？

その場合、法人税・消費税に関して追徴課税はありません。
税務署からの指摘とは税務調査を想定されているものと思いますが、上記の前提であれば、適正額の範囲内で損金計上していますので、指摘自体されないかと思われます。

初めから役員賞与2000万は損金算入していない場合、何かしらの追徴課税がありますでしょうか？
一切ない。安心ください。

ご回答いただいたみなさまありがとうございました。