５年修正申告しても7年遡って調査になるのでしょうか？

調査着手前に自主修正された内容は、重加算税対象となる所得ではないですか？そのように推察されます。
過少対象の遡及は、５年間ですから、署側がそのように過去まで遡及する意思からも明白です。現在は証拠がないのに、ではなく、ご質問者の方がなされた修正申告の内容が「重加算税」の対象と評価され、その事実に基づき、遡及をしようとしているのです。平たく言えば、過去５年間このような事実が認められたので、６、７年前も同じような行為があるのか、ないのか、確認させてください。といった論法です。参考にしてください。

返信ありがとうございます。
重加算税の対象となる所得とはどういうものでしょうか？
きちんと全ての収入を税理士さんにみてもらい修正申告したのですが…

ごく一般的な説明となりますが、
収入の場合、除外（収入に加算されていない）
経費等の場合、架空の経費、個人的な経費の付け込み　となります。
調査前に、自主修正をされたとのこと、
当初申告の内容に正確性について疑問があられたことで、税理士に確認されたのであれば、当然、その前はどうなのか？疑問に持ちますよね！
収入の集計を誤っていたのか、故意に少なく集計していたのか、
それが、毎年なのか、特定の収入先を集計に入れていないのか　など
故意性を署側が判断している結果として、６、７年前までの遡及を考えているようですね。修正の規模は不明ですが、判断として自主修正を６，７年前まで行うかの判断も検討の余地であったと思います。（長文ですみません）

色々詳しくありがとうございます。
故意ではなくても故意だと判断されてしまうのでしょうか。すみません、どのようにしたら良いか分からず…