税務調査で重加算税を課せられることを告げられたが、納得できない場合の対応について

重加算税対象かどうかは、本サイトでは判断できません。
ぜひ税理士とご相談のうえ、会社の意見を主張してください。
納得がいかなければ、修正申告に応じず、更生決定を受け、さらには不服申し立てをすることも検討してはいかがでしょうか。

個人の口座に入金された業務の請求書は法人名で発行したのでしょうか、それとも、個人名で発行されたのでしょうか。
法人の業務とは全く関連の無い仕事を個人の責任で遂行し個人で請求したものであれば、個人の収入になるものと考えます。その場合に個人が事実を隠ぺい又は仮装して申告税額を不当に減少させた場合には個人に重加算税が課されることは考えられますが、事実の隠ぺいや仮装がない、単なる申告漏れの場合には重加算税ではなく無申告加算税または過少申告加算税の対象になるものと考えます。

また、法人税の重加算税に関する取扱いについては、その賦課基準を事務運営指針において次にように明記されています。
https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_02/00.htm

調査官が重加算税を課すと言っているようですが、上記の事務運営指針の賦課基準のどれに該当するのか、重加算税を賦課する根拠を調査官に説明させることが必要と考えます。
重加算税の賦課基準のキーワードは「隠ぺい・仮装」です。
税務調査の現場では、根拠も無く悪戯に重加算税を賦課しているケースが多々ありますので、納得のいく説明を求めることが必要です。

早速、ご丁寧に回答いただきありがとうございました。
少し詳しく状況をご説明しますので、何かお気付きの点やご教示頂くことがございましたら、お願い申し上げます。
代表取締役が、会社以外で働いて得た個人の収入を申告していませんでした。
また、代表取締役以外、社員は個人の収入があることを知りません。
代表取締役の売上の歩合を、雇用会社が集計して、個人口座に振込みしていました。
そのため、請求、領収書はありません。代表取締役は雇用会社に任せにして自ら申告することを知りませんでした。勿論、隠蔽や仮装工作をする意思も全くありません。
それを指摘され、税務署から、遡って個人の収入にするか、会社の収入にするかと言われ、会社の収入にすることになりました。
税務署からは、それに重加算税を課すと言われましたが、回避する方法はありますでしょうか。

代表取締役は個人の仕事という認識だったのではありませんか。
それを会社の収入としたのはなぜか分かりませんが、重加算税対象となっているのであれば、本サイトの回答では限界がありますので、お近くの税理士に相談することをおすすめします。

「雇用会社」とは代表取締役自身の会社なのか、取引先の会社なのか、どちらを指すのでしょうか。
また、「会社以外で働いて得た個人の収入」や「代表取締役の売上の歩合」とは、会社の業務とは全く関連のない仕事だったのでしょうか。
できましたらその点もお聞かせ頂けたら幸いです。

お世話になっております。
お忙しい中、重ね重ねご丁寧に回答を頂きありがとうございます。
雇用会社とは、取引先の会社となります。
代表取締役は、自社の業務が低迷していたので、その間に、業務と関連した仕事ではなく、アルバイト的にやって得た収入です。税務署は、代表取締役の立場で、本来の業務の他にアルバイトをしてはいけない事になっているので、その間に得た収入は、会社の業務として会社の収入に組み入れ、個人的な収入と別にする。その上で、申告していなかった期間に対して、個人と会社に重加算税を課すと言う事です。
説明不足ですみませんが、何卒よろしくお願いいたします。

ご連絡ありがとうございます。
取締役が副業をする場合に「競業避止義務」と「利益相反取引」の制限に該当してはならないという規定はありますが、「代表取締役の立場で、本来の業務の他にアルバイトをしてはいけない事になっている」という指摘は全く解せません。
法的根拠を調査官に尋ねるべきと考えます。
更に「個人と会社に重加算税を課する」というのは何を根拠に重加算税をかけようとしているのかこちらも理解できません。

上記の両方について納得のいく説明がない限り、修正申告には応じない方が良いと考えます。「納得できないので更正処分してください」と主張するのが良いでしょう。更正処分するためには担当の調査官は税務署内の審理担当や幹部職員の全員を理論的に納得させ、尚且つ、文書を作成して手続きしなければなりせん。通常はそれらの手続きを避けたいため、指摘内容を軟化してくることがよくあります。
以上、ご参考になれば幸いです。