法人の税務調査で個人通帳を要求された場合。

相談者様の質問についてですが、①は当然債権債務関係があれば確認は行うものと思います。通常、税務署としては「借入金」がある場合は「売上除外」を想定します。また、奥様は親族ということですので確認は行うでしょう。②純粋に奥様に帰属する「タンス預金」を預金通帳に入金しただけですから何ら問題はありません。③仮に外注先が申告していなくても真実は１つですから、税務署側からの「売上除外」の主張には丁寧に説明すれば足ります。
いずれにしても、あまり深く考える必要はないような気がします。内容としては「奥様の預金」の動きを気にしているようですが、事実をきちんと説明することが大切です。
この場合は、会社にお金が足りなくなったので奥様から資金を借りた、奥様は自己資金を銀行に預け入れた、ということですから何ら問題はないと思います。なお、今後はきちんと奥様に借入金の返済をきちんと行うことが大切です。

ご返答ありがとうございます。
妻からは500万円程借りました。
しかしその同額を近い期日にATM入金しています。
この他にも昔(これもまた10年前)に私が貸していた貸付金が返済された為に毎月30～50万円程ATM入金しています。

その年の預金額が500万円増えています。

会社は500万円の赤字でした。

客観的に見ると売上除外をしていたと言われてもおかしくないような預金の動きをしています。

しかし、本当にそのような事は行っておりません。
ただ、これは借金返済のお金なんだ。祖父からもらったお金をタンス預金にしていて入金したんだ。と言える証拠もありません。

正直、課税されるんだろうなと諦めてしまっています、、

何故奥様の預金口座に毎月３０万円から５０万円の入金を行うのでしょうか？また、お仕事の内容は現金商売でしょうか？
いずれにせよ、真実は１つです。きちんと冷静に説明するしかないと思います。仮りに、売上除外の事実があるとすれば、当然に仕入れ等の経費があるはずです。実際に売上除外等の事実がないわけですからきちんと冷静に説明することが肝要です。