スキャン後のレシートを破棄してしまいました。

お答えします。
必要経費の領収証の原本が廃棄されて、存在せず、スキャン画面の画像データのみ存在している、ということでしょうか。
本来は当然、存在していることが必要であります。
税務調査ではどうするか、ということについては、やはり事情を説明して、領収書のスキャン画像にて、税務調査をしてもらうしかない、ということになります。
経験上は、所得税においては、スキャン画像ではあっても、一定以上の真実性は判断できますし、スキャン画像がある前提で、そのことのみで必要経費をすべて認めないという対応にはならないと思います。
消費税の納税義務があるかわかりませんが、消費税は領収書の保存義務が法令上厳格であり、仕入税額控除をする費用の領収書には保存義務が課せられています。したがって、仕入税額控除を認めない、ということは、制度上、より厳しく指摘することができるわけです。
消費税の納税義務があるかわかりませんが、破棄してしまったことは、税務署では何の相談も受けていないことで、業者への相談で、ご本人が行ってしまったことなので、申し訳ない、という姿勢で事情を説明して、理解してもらうしかないと思います。
税務署がどのように税務調査で処理するのかは、断定的に申し上げることは難しいです。個別案件により、調査官により、処分には一定の裁量の中で幅がありますので、上記のお答えについては、保証はいたしかねます。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

早速のご回答、ありがとうございました。Y社の仕訳相談といったところを全面的に信用してしまった私にも責任があると痛感しました。まさか、大手の会社がそんな指導をするとは思っていませんでしたので。私は消費税の納税義務がありますが、サービス業で経費はありますが、仕入れは発生しません。もし調査があった場合は、おっしゃるとおりに誠意をもって説明して対応しようと思います。本当にありがとうございました。

お疲れさまです。念のためですが、
消費税は、売上や収入に関する消費税額から、原価、仕入れ、必要経費などの支払った消費税を控除して（これを仕入税額控除と言います）、差額が納付すべき額ということで、計算されます。経費についても、消費税の計算上は仕入税額控除、ということになり、控除します。
税務署の調査官も、ロボットでなく人なので、事情を説明すれば、多くの場合は聞いてくれると思います。
以上、回答とさせていただきます。