外国法人（免税事業者）に対する手数料請求について

ご記載の情報では、そもそもその取引が課税取引なのか輸出免税取引なのか判断できません。
課税取引で貴社が適格請求書発行事業になれば請求書に消費税を記載する必要がありますし、輸出免税取引であればそもそもこれまでの社内処理が間違えていると思います。

非居住者に対する役務の提供で免税とならないものは、以下の国税庁質疑応答事例をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/11/02.htm

説明を補足いたします。
業務内容はコンテナ船ヤード内における外国貨物コンテナの「超過保管料」、「コンテナ返却延滞料」に対し、船社に代わり弊社が荷主から料金を徴収し、そのまま船社へ振込みます。
その金額の5％を弊社のコミッションとして船社へ請求しております。
いままでコミッションは課税売上としておりましたが、免税取引にあたるのでしょうか？
また弊社は適格請求書発行事業者であります。

ご記載の行為が保税地域内で行われるものであれば輸出免税、保税地域外で行われるものであれば課税取引です。

ご回答ありがとうございます。
コンテナヤード内事務所（指定保税地域）でコンテナの搬出入を行っており、
料金の徴収等も事務所内で行っております。
いままでの課税売上が見解違いという事なのでしょうか。
ありがとうございました。

ご記載の通りであれば、輸出免税売上なので社内処理が間違いと考えられます。

消費税法7条1項
事業者が国内において行う課税資産の譲渡等のうち、次に掲げるものに該当するものについては、消費税を免除する。
5号、前各号（輸出として行われる資産の譲渡などのこと）に掲げる資産の譲渡等に類するものとして政令で定めるもの

消費税法施行令17条2項
法第七条第一項第五号に規定する政令で定めるものは、次に掲げる資産の譲渡等とする。
4号　外国貨物の荷役、運送、保管、検数、鑑定その他これらに類する外国貨物に係る役務の提供（関税法第二十九条（保税地域の種類）に規定する指定保税地域、保税蔵置場、保税展示場及び総合保税地域（以下この号において「指定保税地域等」という。）における輸出しようとする貨物及び輸入の許可を受けた貨物に係るこれらの役務の提供を含み、同法第三十条第一項第五号（外国貨物を置く場所の制限）に規定する特例輸出貨物に係るこれらの役務の提供にあつては、指定保税地域等及び当該特例輸出貨物の輸出のための船舶又は航空機への積込みの場所におけるもの並びに指定保税地域等相互間の運送に限る。）

弊社は外国船社を代行して料金の徴収を行っている国内の別会社ですので、
徴収金は免税で受取り、そのまま船社へ。それにに対する手数料的なものは国内取引と認識しておりました。
色々ありがとうございました。

上記の消費税法施行令17条2項4号に規定された役務提供の対価のようですから、輸出免税売上です。