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名ばかり管理職の未払い残業代を遡及払いする際の所得税等天引きについて

弊社では、社内で名ばかり管理職だったと認定した社員50名以上(退職済の者を含む)に対して、未払い残業代の遡及払いが行われました。
総額は4,500万円程度だった模様です。

対象の勤務期間は 2017年4月から2019年3月まででした。
労使交渉など紆余曲折を経て、2019年10月末に支払いが行われました。

その際に、未払い残業代として認定した額から、
所得税等が天引きされ、残った部分のみ振り込まれました。

これについて天引き以外の選択肢、
すなわち、天引きか確定申告か選ばせることもできたのではないかと考えておりますが、税法上どういう扱いになるのか教えていただきたいです。

なお、会社側からは確定申告等をするようにとの説明はありませんが、
個別に会社に確認した者によると、確定申告をすれば税金の還付が行われる可能性があり、逆に確定申告をしなければ、還付が行われることはないとのことでした。

税理士の回答

本来各支給日に支払うべき残業手当が一括して支払われただけなので、本来の残業手当が支払われるべきであった各支給日の属する年分の給与所得となります。
会社は、源泉徴収表の甲欄対象者は年末調整を行う義務があります。
給与から所得税の源泉徴収すると共に、各年の年末調整をやり直すべきであり、源泉徴収しないという選択肢はありません。

他の所得、医療費控除、ふるさと納税などで、既に確定申告している場合は、その訂正(更正の請求又は修正申告)をする必要もあります。

本投稿は、2019年11月07日 14時30分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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