特定口座での源泉徴収後に、あらためて確定申告できますか？

私の分かる範囲内で記載してみます。
参考になれば幸いです。

①不動産所得（アパート賃貸）があります。
　外装塗装等の大修理を実施しました。一括経費処理とすれば、不動産所得は
　約６百万の赤字となります。


　　修繕費になるかどうかにつきましては、詳細が分かりませんので判断できません。
　　参考までに下記を確認してみてください。
・資本的支出と修繕費
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/07/07_08.htm
・修繕費とならないものの判定
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1379.htm


②同年末に株式売却して、約６百万弱の利益を得ました。特定口座での源泉徴収
　方式選択ですが、あらためて確定申告できますか？　配当金計算書もあります。


　申告は可能です。

③上記①＋②は合算で確定申告出来ると理解してますが、間違いないでしょうか？
　この際、株式での利益は、確定申告時はどの項目になるのでしょうか？


　損益通算は出来ないと考えられます。
　下記を参照ください。

（損益通算の抜粋）
5　申告分離課税の株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失がある場合は、株式等に係る譲渡所得等以外の所得の金額と損益通算できません。また逆に、株式等に係る譲渡所得等以外の所得の損失も、株式等に係る譲渡所得等の金額と損益通算できません。
　ただし、平成21年分以後の所得税の確定申告において、上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額がある場合には、申告分離課税を選択した上場株式等に係る配当所得の金額から控除することができます（当該上場株式等に係る配当所得の金額を限度とします。）。
詳しくはhttps://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2250.htmにて

では、参考までに。

早速の回答有難う御座いました。
私の質問の書き方がまずい所があったようですので、再度書きます。宜しくお願いいたします。
◆不動産所得で発生した赤字をその他の所得（今回は、上場会社株式の売却益）で損益通算
　出来るでしょうか？という質問でした。
　　先の回答で頂きましたネットで「損益通算」について詳しく説明されてましたので、大変勉強に
　なりました。ところで、株式売却でえられた利益（所得）は、所得分類では、どの項目に該当
　するのかわからないのですが、損益通算の順序の項の説明では、”損益通算可能”と理解できるの
　ですが、間違いでしょうか？
宜しくお願いいたします。