源泉徴収税の支払い方法と支払調書について

当該任意団体が、
①法人税を納付する義務がある団体である
②定款、規約又は日常の活動状況からみて個人の単なる集合体ではなく団体として独立して存在している

のいずれかに該当すれば法人とみなされ、源泉徴収の必要はないことになります（所得税法基本通達204-1）。

本来であれば、当該任意団体から、消費税込の報酬額から源泉所得税額を差し引いた額（法人あるいは法人とみなされる団体のため源泉不要の場合は記載なし）が記載された請求書を当該任意団体より受取り、それに基づいて支払を行うところですが、報酬額、源泉については当該団体の方から事前に了承を得た上で、お支払いをされたのではないでしょうか。
過去に、当該任意団体が報酬をお受け取りになられた際にはどのようにされていたのでしょうか。

上記①②の判断基準について、当該任意団体の方々も把握されておらず、明確な判断ができない、ということであれば、個人であるとみなして源泉所得税を納付されるのが無難かと思います。

支払調書についてマイナンバーが必要、とされてはおりますが、マイナンバー情報提供を拒否される方もおられますし、マイナンバーがないからといって受理されないということは通常ございません。