源泉を納めたか確認する方法はありますか？

　　回答します。

　　確認方法として
　　①　源泉所得税の納付書の記載を確認する
　　②　元帳の「預り金」勘定の残高をチェックする
　　③　税務署に「未納の有無」を確認したいとして、該当する期間の納付記録をチェックする
　　が考えられます。

　　ただし、「③」については、税務署がどのように対応してくれるかは不確かであり、かつ、電話では回答してくれません。
　そこで、一度税務署にどのような手続きを踏めば確認ができるか電話をされてはいかがでしょうか。
　ポイントは「未納の有無の確認」として電話をすることになります。

　過料としては。金額にもよりますが自主的に未納分を納付した時は、納税税額の５％の不納付加算税が、また、納付が遅れた期間に対する延滞税がかかります。

　延滞税の計算方法を、国税庁HPから参考に添付します。
　https://www.nta.go.jp/taxes/nozei/entaizei/keisan/entai.htm

ご回答ありがとうございます。

①社長に確認したところ、納付書は見当たらないそうです（納めたのに紛失したのか、納めていないのかわからないそうです）

②直近の決算書を見ると、預り金残高は有り、全額税理士報酬からの控除のようです。2000円程度です。

③税務署では確認のみしてくれるのでしょうか。納税証明書は請求できますか？

たびたびで申し訳ありませんが、ご見解いただけると幸いです。

回答します
　
　未納の状態だと思われますので、その旨を税務署にお伝えください。
　納付記録があるか否かぐらいなら、回答してくれると思いますが、詳細までは回答を難しいと思います。
　なお、源泉所得税の納付確認に関する「納税証明書」はありません。

　「納付書がなく、帳簿の預り金が残っているので未納であると思われる。未納であれば早急に納税したいので確認させてほしい」とまずは、所轄税務署の源泉所得税担当にお電話してはいかがでしょうか。