再年末調整について
お世話になっております。
標題の件、会社で給与業務を担当しているのですが、
1/31までに実施可能な年末調整の再計算は、会社の義務でしょうか?
弊社では、年末調整業務を12月に実施しています。
各種控除申告のある社員には、期限日までの申告を周知し、
期限後の分は確定申告してもうらうようにしています。
なお、申告後の出生等、やむを得ない理由に対しては
再年末調整の対象として対応しています。
国税庁HPの年末調整のしかた冊子には、
上記のような場合(社員の申告漏れであり申告者の責任)でも
「年末調整のやり直しをすることができます」と記載がありますが、
会社としては再年末調整することが義務となるのでしょうか?
それとも任意でありサービスの範囲なのでしょうか?
また、年末での出生など、やむを得ない理由の場合でも
会社としては再年末調整をする義務なないのでしょうか?
会社のミスによる再年末調整は対応すべきだと思いますが、
どこまで対応が必要なのか、特に法律に条文等を見つけられませんでした。
大変恐れ入りますが何卒ご指導の程宜しくお願い申し上げます。
税理士の回答

年末調整については、配偶者や扶養親族の合計所得金額を年末調整の時点で「見積もる」ことから、翌年になってから扶養控除申告書や配偶者控除等申告書の内容を再確認(見直)することが予定されています。
そして、再年末調整に関しては「所得税基本通達」で決められています
1 徴収不足が生じた時
年末調整関係の申告の記載事項に誤りがあり、「徴収不足税額が発生したことを知った源泉徴収義務者は、直ちにその不足税額を徴収し納付するもの」とされています。そしてこれは、前年以前の徴収不足であっても、徴収し納付することが決められています。(所得税基本通達194から198共1)
そしてこの「徴収」に関しては、該当者が退職しているなどの「正当な理由」がない限り、強制徴収(納付)となっています。(所得税基本通達194から198共2)
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/33/01.htm#a-01
2 還付税額が発生した時
「その年分の給与所得の源泉徴収票が作成される時までにその異動(扶養控除等の所得控除)に関する申告があったときは・・・還付して・・・差し支えない。(所得税基本通達190-5)とされています。
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/32/01.htm
これらの規定から、還付になる場合は「源泉徴収票」を発行するまでであれば、再年末調整を行うことができますが、納付になるときには源泉徴収票が発行された後でも、再年末調整を行い納付することになります。
また、徴収不足により納付になるときは、是正の期間(年)を決めていませんので、前年以前(原則時効になるまで)についても是正が必要になりますので、税務署は市区町村の調査により配偶者控除や配偶者特別控除、扶養控除等に誤りがあると把握した時には、源泉徴収義務者に対して税務署から「扶養是正」の通知が送られてくることになります。
なお、これらの配偶者控除等や扶養控除等に関しては「確定申告」により清算(是正)することもできますが、徴収不足の可能性もあるため「従業員に方に年明けに配偶者等の所得を見直す」ことを勧めています。
米森先生
お世話になっております。
早速のご返信ありがとうございます。
再年末調整の実施は、「所得税基本通達」で決められているのですね。
知識不足で申し訳ありません。
なお、「還付になる場合」の再年末調整ですが、
弊社では12/25に全社員へ源泉を配布しています。
そうすると、「「源泉徴収票」を発行するまでであれば」には該当しなくなってしまうかと
思いますが、
「還付になる場合」については、既に12/25に源泉配布済みの場合、
再年末調整をしなくても会社としては問題ない認識にてお間違いないでしょうか。
大変恐れ入りますが何卒ご指導の程宜しくお願い申し上げます。

>「還付になる場合」については、既に12/25に源泉配布済みの場合、
再年末調整をしなくても会社としては問題ない認識にてお間違いないでしょうか
⇒ 厳密にいえばその通りですが、それでは「所得控除額等の見直し」ができないことになります。
源泉徴収票は「(支払のあった)翌年の1月31日までに交付する」ことが義務付けられています(所得税法第226条)ので、年内の交付自体が違法というわけではありません。
しかし、先に説明したとおり提出された年末調整の申告書の内容を年明けに再確認(見直)することが予定され、それ故に再年末調整が通達で定めていることを鑑みて、仮に年内に源泉徴収票を交付したとしても、一旦交付した源泉徴収票を回収し、正しい源泉徴収票を交付することもできるとも考えられます。
もちろんこの場合も「給与支払報告書」や「法定調書の合計表」の提出後となると、「訂正」の提出などのように大変になることから、期限を設けてその期限内に報告された場合に「還付(源泉徴収票の差し替え)」をするとして、期限に遅延した者に対しては確定申告で是正を求めるという方法を取れるのではないでしょうか。
本投稿は、2025年01月10日 09時39分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。