休職期間を含む年末調整について

　休職中には給与の支払いは有ったのでしょうか。
　新しい勤務先では、前職の源泉徴収票を元に、前職の給与の額、社会保険料の額、源泉徴収された所得税等を、新しい職場での給与の額等に合算して年末調整を行います。

　前職の給与があったものの、源泉徴収票を新しい勤務先に提出して無ければ、本来ならば年末調整は出来ません。しかし、もしも年末調整をしたならばその源泉徴収票と前職の源泉徴収票を持って、確定申告をすることで、所得税の精算が出来ます。
　前職分を含めて年末調整をしている場合は、源泉徴収票の中程に、前職の給与の額等の明細が記載されています。

　年末調整の還付金は、給与で源泉徴収された所得税の合計と年税額との差額で決まります。一概に「還付金が少ない=計算間違い」とは言いきれません。
　また、扶養控除等申告書の記載内容等によって、控除が漏れている可能性も有ります。その場合は、確定申告で還付を受けることが出来ます。

　年末調整をした担当者の方に、内容を確認をされた方が良いかも知れません。

休職中には有給買取として僅かながら給与を頂いております。前職の源泉徴収票は提出済みです。

企業に確認したくないので、私が出来る範囲での計算方法（確認方法）をご教示くださいとお願いしています。
企業側のミスであると確実に言い切れる場合のみ企業に連絡をしたいと考えております。

企業側にミスを疑っているというのを伝えたくありません。質問の意図をご理解頂ければ幸いです。
※現時点で経理部のミスが何回かあると噂で聞いていて、信用が出来ません。また、ミスでなかった場合、企業側への私の印象が悪くなることを懸念しております。

　新しい勤務先からの源泉徴収票には、前職の給与等の記載が有りますか？　
　無ければ、その点からも誤りの可能性は有ります
　記載が有れば、その源泉徴収票と毎月の給与明細(賞与を含む)が有れば金額の確認が出来ますが、お話だけですと難しいです。

　そこで、ご自身でチェックする方法として
　前職の源泉所得税額　+　新しい職場での給与明細に記載された源泉所得税額　-　源泉徴収票に記載された源泉所得税額　=　還付金額
　となっているか、ご確認ください。
　

　一つ説明が漏れていました。

　還付金の精算方法として、
１　翌月以降の各人から「源泉徴収すべき所得税」に充当する方法
２　企業が立て替えて、全額を従業員に還付する方法
　(企業が納税する際に減額して納税します)
３　２ヶ月を越えても充当仕切れないとして、企業が税務署に請求して税務署から還付する方法が有ります。

　多いのは「１」又は「２」のケースです。
　「１」のケースは、翌年１月以降の源泉所得税が少なくなっていると思います。
　貴方の企業がどのような処理をしているのか分かりませんが、参考にしてください。

保険や国民年金の追納についてはどのように計算すればよろしいのでしょうか。

① 社会保険料を会社からの徴収以外に、別に納めたのもがあり貴方が年末調整の際「保険料控除申告書」に記載された金額が、正しく計算されているか確認したいということでしょうか。

②　今後、社会保険料（社会保険及び国民年金）の追納が生じる際の計算方法をお尋ねでしょうか。

①の場合は、
　　前の企業から徴収された社会保険料　+　現在の会社から徴収された社会保険料　+　保険料控除申告書に記載した保険料　＝　源泉徴収票に記載された社会保険料　となっているかにより確認できます。

②の場合は
　　社会保険労務士先生の業務の範疇であり、私では明確な説明がしかねます。申し訳ありません。