旅費日当、経費(建替分)、事務所兼住居の事務所部分家賃などの支払における仕訳方法について

帳簿上しっかりと経費区分して仕訳することができているならば月末等に一括でお支払い頂いて問題はありません。
旅費手当は旅費交通費
経費はそれぞれの名目で福利厚生費や接待交際費、消耗品費、雑費等
事務所分家賃は家賃
としてそれぞれ仕訳して下さい。
注意して頂きたいのは、役員給与です。
役員給与は、株主総会後に税務署に届け出をしていなければ、定時同額給与といって、毎月同じ時期に同じ金額を支払うのでなければ、法人税の経費（損金）として認めないからです。儲かったからボーナスを含めて後から出したい、といってもできない制度になっています。
ですので、法人化されたということですので、しっかり事業計画・経営計画を作成し、今年度はいくらの給与を払えるのか、を計画立てて給与を取って頂けるとよろしいかと思います。

ご回答いただきありがとうございます。
役員賞与については税務署に事前確定届出給与の届出を事前に提出しておりますが、役員給与(定時同額給与)に関しては株主総会の議事録は残していますが、税務署への届出は不要と認識いるのですが間違いないでしょうか？
よろしくお願いいたします。

事前確定届出給与の届出をされているのですね。それで充分です。
変動期のない定時同額分については届出不要です。定時同額分の変更をした際の株主総会議事録を残しておけば、税務調査で提示できるので問題ありません。