古物商を営みます。トレーディングカードを扱います。年末に棚卸し約400万円分有り棚卸資産として

販売用ということですので、棚卸資産として処理すればいいかと思います。
また、相手勘定は、開業前の購入であれば元入金で処理すればいいかと思います。

ご回答ありがとうございます。

大変助かります。

重ねてのご質問なのですが、この400万円の中から商品が売れた場合、商品の元金(原価)はどのように処理すればよろしいのでしょうか？

例:原価が5000円で、10000万円で売れて、メルカリの手数料が1000円、発送料金が210円、手元に残るのは8790円で、利益は3790円の場合。

お分かりいただけるのであればお教えいただきたいです。

記帳については、棚卸資産を決算整理で仕入勘定に振り替え、在庫を棚御資産に振り替えることで、仕入の経費計上はされます。
具体的に、どの商品の利益率がどの程度か知りたい場合は、質問者様のような管理をしてください。