自動車購入時に仕訳していなかったリサイクル預託金を売却時に仕訳するにはどうすればいいでしょうか

自動車が事業用の前提で回答します。
個人の場合、棚卸資産以外の事業用資産の売却は事業所得ではなく総合課税の譲渡所得になりますので、売却益の仕訳はしません。
単純に、譲渡直前の帳簿価額を事業主貸／車両運搬具と仕訳するだけなのでリサイクル預託金が未計上であっても関係ありません。

上記に一部記載漏れがありましたので訂正します。
個人の場合、棚卸資産以外の事業用資産（土地、建物などの不動産は除く）の売却は事業所得ではなく総合課税の譲渡所得になりますので、売却益は仕訳しません。
です。

前田先生

ご回答ありがとうございます。
リサイクル料の件、未計上でも問題ないことがわかり助かりました。

売却益は、仕訳ではなく摘要欄に書き、仕訳は事業主借で記帳しています。
説明不足で申し訳ございません。

預金／諸口　400,000
諸口／車両運搬具　1
諸口／事業主借　39,9999

この仕訳の後、確定申告で、譲渡所得（総合課税）の欄に
売却額 - 期首簿価 - 500,000
（今回は、マイナスなので記入なし）

でよろしいでしょうか。

お忙しい中、申し訳ございませんが、ご教授お願い致します。

総合課税の所得は0ですが収入金額は記載します。
確定申告書には以下の付表を添付します。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/syotoku/pdf/r04_joto_07.pdf

ご回答ありがとうございます。
第一表
総合課税、長期　０円
第二表　
総合課税の譲渡所得、一時所得に関する事項　で、
収入金額　400,000円、必要経費　1円、差引　399,999円
ということでしょうか。
特に問題がなければ、これで終了させて頂きますので、よろしくお願い致します。

付表の件は、親切に追記のアドバイスありがとうございます！

申し訳ありませんが金額の正否も確認できないご質問には回答を控えさせていただきます。
記入の仕方は税務署で指導をを受けてください。

記帳と金額の件、御もっともです。
申し訳ございませんでした。
お忙しい中、ご対応ありがとうございました。