仕入れた商品が壊れていた場合に、それらの商品は売上にいれるのか。

①ネット仕入れを中心とした中古のお店を運営しています。
仕入れた商品が、動作不良などの不具合により壊れて販売できなくなってしまった場合でも、この商品は仕入れに含めなければいけないのでしょうか？

はい含めます。
（返金期間をすぎている）

それは関係ない。考えない。

これらの商品は「仕入れ要件を満たしていない不用品」としてメルカリ等で処分をした場合は、売上にカウントするのでしょうか？

はい、カウントします。
（利益は出ていない、商品ではない廃棄品でフリマでしか販売できない）

利益の問題ではない。
「所有者の不用品の処分によって得られたもの」であれば、税金はかかってこないと思うのですが。

いいえ、仕入れたものです。関係あります。
これを売上に入れると、インボイスでの消費税の額が上がってしまうため困っております。

入れて計算ください。
②また、私は障害者2級の障害を持っています。
（2年前に脳出血になりました、右半身が麻痺しています）

障害者は一切考慮に入れません。
現在、妻と二人で古物商を開業しておりますが、ほぼ毎日昼休みに会議をしています。 物忘れがひどく、「商品の袋づめ」や「メールの作成」なども遅いため、毎日ご飯たべながら、妻に聞きながら作業を行っています。

上記の記載ではできないと考えます。仕事をしないときには、食べませんか。
こういった場合でも、毎日の昼食を会議費とすることはできるのでしょうか？

できないと考える。上記記載。
健常者であればできることがかなり難しいです。
「会議の内容や目的」を記入していれば、毎日の昼食を会議費とすることはできるのでしょうか？
（妻も障害者です。私の名前で開業しています）

障害者は考慮しない。
障害者でもそれとは関係なく商売していたら、それは別に考える。障碍者控除で考える。