健康保険、厚生年金、子ども子育て拠出金についての過誤納額

決算を跨がないのであれば支払い時の逆仕訳
普通預金/法定福利費
でよいかと思います。

充当されているので、支払いがありません。
なので、
法定福利費/普通預金の仕訳はたたないのですが、その場合、充当された仕訳はどうすれば良いですか？

充当で社保支払い時に減額されていますので、処理不要でよいかと思います。

給与支払い時に
未払費用/普通預金
　　　　/法定福利費（社保）
　　　　/預り金（源泉）
　　　　/預り金（住民税）
この仕訳は立てていて、困ってるのが社保の支払いの時の仕訳でして、充当されているという仕訳は必要ないのでしょうか？
そうなると法定福利費がマイナスのまま残ってしまいます。

過誤納の原因である社保が給与から過徴収されてそれがマイナスで残っている状態であれば、従業員へ返金してマイナスを消し込めばよろしいかと思います。