通勤手当の定期代について

定期代を支給し、電車でくるか自家用車通勤するかは自由にしています。
　⇒　電車等（交通機関等の利用）の通勤費の非課税限度額（枠）と、自動車や自転車などの交通用具を使用している人の「非課税限度額」は異なるため、非課税のままにすることは問題があると考えます。

　　　かつては、自動車等の通勤者であっても「運賃相当額」までは非課税と取り扱っていました。しかし、平成23年の税制改正でその取扱いが廃止され平成24年からは自動車等で通勤する人は、その通勤距離による「非課税枠」までが、非課税限度額として取り扱われています。
　　　御社は、改正前の取り扱いで運用していた可能性がありますので、一度見直しが必要になるかもしれません。

　　　また、「通勤経路」や方法は、その通勤・帰宅時に何らかの事故等に巻き込まれた時には「労災」の対象になる場合があり、そのためにも雇用主は各従業員等の通勤経路などを報告（届出）させるケースが多いと聞いています。
　　　このことからも、通勤方法を「自由」にしていることは、問題が生じるのではないでしょうか。

　コインパーキングとして利用しても良いとしています
　⇒　コインパーキング代を自己負担であればそのこと自体は問題ないと思います。
　　　しかし、コインパーキング代が会社負担している場合は、給与課税の問題は生じると考えます。
　　　もちろん「営業」のため、個人所有の自家用車を利用しているなどのように業務上相当の理由が有る場合は問題ないと思います。