従業員の住居代を他社と折半する場合

特に問題はなく、一般的な賃貸借契約書でよいと思います。

No.2597　使用人に社宅や寮などを貸したとき
http://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2597.htm

ご質問ありがとうございます。

賃貸契約書については、A社からの一部転貸にあたりますので、その関係性がわかるようにご作成されればよいかと存じます。

また、給与課税を避けるための金額算定にあたり、固定資産の課税標準額を把握する必要があるかと思います。固定資産課税台帳など閲覧すればよいですが、物件オーナー様あての通知などを参照できれば早いので、オーナー様にコンタクトできるような条項を残すとよいかと考えます。

また、従業員の方からいただく社宅代ですが、給与課税を避けるための金額算定にあたり、富樫先生がご参照くださっているリンク先の計算式にあたり、折半分であることを考慮してご計算いただくくらいでしょうか。

蛇足ではありますが、少しでもお役に立てば幸いです。

ご回答ありがとうございます。富樫先生のリンク参考にさせていただきました。
金額選定ですが、例えば、家賃８万円、弊社負担（折半）４万円、従業員からもそのままの４万円をもらう予定ですのでこの場合は問題なさそうだと判断しました。（２年に一度の更新料はA社と折半で会社負担）

また、再度の質問になりますが、Ａ社から毎月請求書を頂く形にする予定です。賃貸借契約書ではなく、簡単な合意書のような形式でも構わないものでしょうか？

ご連絡ありがとうございます。
簡単な合意書でも、請求書でも問題ないと思います。
ご相談者が、負担している内容が、わかる資料であれば。