建物を棚卸資産に計上した場合

流動資産でも、固定資産でも消費税に変わりはありません。
おそらく、特定の科目について、貴社において税抜き処理、税込み処理を使い分けているだけでは無いかと思われます。

継続適用が要件です。
参考にして下さい。

【税抜経理方式について】
 税抜経理方式を選択適用する場合は、売上げなどの収益に係る取引について必ず税抜経理をしなければなりません。しかし、固定資産、棚卸資産及び繰延資産(以下「固定資産等」といいます。)の取得に関する取引又は販売費、一般管理費など(以下「経費等」といいます。)の支出に関する取引のいずれかの取引について税込経理方式を選択適用することができます。また、固定資産等のうち棚卸資産の取得に関する取引については、継続して適用することを条件として固定資産及び繰延資産と異なる経理処理方式を適用することができます。

(注) 税込経理方式と税抜経理方式とを併用して選択適用する場合でも、個々の固定資産等又は個々の経費等について異なる経理方式を適用することはできません。例えば、固定資産のうちある固定資産については税抜きとし、そのほかの固定資産については税込みとするというようなことは認められません。

2  税込経理方式について

消費税の設定の問題と思います。
建設仮勘定も、税込みで経理処理し、完成時に消費税を分けることも可能です。