購入自宅マンションの一部を経費計上することのデメリットに関して

事業用でなくても、譲渡所得の計算上は、減価償却費は差し引きますからデメリットは、特にないと考えます。
ただし、非業務用の資産は、法定耐用年数の１.5倍の年数で減価償却費を計算します。

マンションの一部を事業用として申告することで、将来、マンションを売却する場合に居住用財産の特例(3000万円特別控除)が全体に使えなくなくことが考え方られます。
また、建物の減価償却費を事業所得の経費にすることで、将来、そのマンションを売却するときの取得費が自宅だけの場合に比べて小さくなることが考えられます。