送料を加味した請求の発行

商品代と送料を合わせて請求されるのであれば、請求金額の合計を売上として処理してよいと思います。実費で支払われた送料は、運賃の処理になります。

消費税の課税事業者判定にも影響してきますし、会計上も相殺仕訳をおこなうと総額表示に比べ、明瞭性に欠けるので、入金金額全額を売上計上することをお勧めします。

ご回答有難うございます。
追加での質問です。
この場合の負担した際の送料が税込み500円だった際に、発行する請求書での送料の金額は税込み550円にしないといけないのでしょうか?それとも実費の請求なので税込み500円でないといけないのでしょうか?またはどちらでも構いませんか?税法等は関係なく、双方の取り決め次第でしょうか?
宜しくお願いします。

実際に負担した送料500円が税込であれば、請求は税込500円ですることになると思います。

税法等の取り決めではなくて、原則は実費での清算になると考えます。
双方の取り決め次第ですが、実費が500円しかかかっていないのにわからないことをいいことに550円請求されていたことを知ったら相手方は怒りますよね。

詳しく教えて頂きまして大変勉強になります。ご回答を参考に請求書を発行したいと思います。有難うございました。