損害保険の仕訳について

その損害保険の保険料はこれまで経費計上していたのでしょうか？
そうであれば、保険金は普通預金5万／雑収入5万になります。
また、修理をしていないので機械設備を5万円減価することはできないと考えられます。

すみません。先の回答は間違えていました。
事業用でも損害保険金は非課税所得なので、仕訳はご記載の通りでよろしいかと思います。
ただし、機械設備の5万円減価はできないと思います。

普通預金5万／事業主借5万 だけでいいということでしょうか？

はい、ご記載の通りです。
修理はされておられませんので、損害保険金の入金仕訳のみになります。