個人事業主がアルバイトをした場合の処理について

回答します。
給与であり事業用口座に入金されないので仕訳は不要です。
あなたのお考えのとおり、事業に使用するときに事業主借勘定で繰入れてください。
そして、その給与が年末調整を受けても受けなくても、事業と併せて確定申告してください。

個人事業主の売上(利益)はもちろん会計ソフトに入力する必要があるかと思いますが、アルバイトで得た収入は入力する必要があるのでしょうか。
→事業とは関係のない収入ですので、アルバイトで得た給与についての記帳は不要です。

またアルバイト収入は会社側で行われる事がない限りは、自分で確定申告・年末調整が必要なのでしょうか。
→ご質問の意図が分かりかねますが、年末調整というのは給与支払者であるアルバイト先の会社が行うことであり、給与を受け取る側のご相談者様が行うことはありません。
　また、ご相談者様が確定申告を行う際は、年末調整の有無に関わらず、給与収入も合わせて申告します。

アルバイト収入が事業用口座ではなく個人口座に入金されるのであれば、記帳の必要はないです。アルバイト収入は、扶養控除等申告書を提出されていれば会社での年末調整の対象になります。そして、確定申告に含めて申告をします。