アフィリエイトの売掛金の処理、年をまたいた場合の処理について

ご質問者様のご理解の通り、ｈ29年の確定申告ですと
Ｈ29年11/30　売掛金／売上
Ｈ30年 1/15　普通預金／売掛金
とするのが正しい処理です。11/30の入力が大事ですので、出来ないのであれば、会計ソフトのヘルプデスクに電話した方がよろしいかと存じます。
もし11/30が平成28年11月30日であれば過年度（28年の所得）になりますので、入力出来ないと思います。

会計ソフトのデスクに確認をしましたがこちらでは回答できないのの税理士に相談してくださいとのことでした。
会計ソフトでは入力が前年なので入力ができません。どうすればいいでしょうか？

平成28年11月30日と言うことでしょうか？
そうであれば28年の（雑）所得として申告するのが本来の処理となります。
この場合の対応については金額やご質問者様の諸条件等により異なりますので、管轄の税務署ご相談されてはいかがでしょうか？
ご状況によっては28年は申告の必要のない金額かもしれませんし、軽微の為、29年の所得にしてしまっても良いと言われるかもしれません。

ありがとうございました。去年で入力ができました。