税務調査後否認費用の翌期仕訳について

財務ー税務否認の受入　別表5(1)の否認項目/前期損益修正益
税務　　　　　　　　　4表で同額を減算、5表(1)の否認項目の減算

こんにちは
非公開の企業などは、会計を税務に合わせようとされますが、実際はその逆となります。会計＝税務ではなく、税務は会計をベースに公平性の観点から会計上は認められていても、税務上は認めないものを申告書によって調整しているに過ぎません。
つまり確定決算で計上したご記載の研究開発費と旅費交通費の会計上の仕訳の修正は不要と考えます。
修正申告により追加納付する法人税等は、平成23年公表の「会計上の変更及び誤謬の訂正に関する会計基準」により、（借方）繰越利益剰余金／（貸方）未払法人税等と仕訳します。

つまり確定決算で計上したご記載の研究開発費と旅費交通費の会計上の仕訳の修正は不要と考えます。

不要ということはわかったのですが、私的利用と判断され研究開発費として認められなかったので、社長から会社へ返還する必要があるのではないかと思っています。

理由としては、その分、会社の預金残高は減っているからです。
この点について、なにかご意見頂けると助かります。
個人的には、経費として認められていないが、残高が減っていることが気持ち悪いので、社長が補填する仕分けができたら良いなと思っていますが、その考え自体が税務署からしたら間違いとして指摘されるようであれば本末転倒なので、わからない状態です。

会計上の仕訳ではなく、別表の残高をゼロにするための仕訳です。
もちろん、別表に残したままにするのであれば、仕訳は不要です。

私的流用を社長への仮払金としての前提です。
本来の当期期首残高とするための仕訳
（借方）当座預金1,000,000／（貸方）研究開発費1,000,000
（借方）仮払金1,000,000／（貸方）当座預金1,000,000
　↓
（借方）仮払金1,000,000／（貸方）研究開発費1,000,000
ただし、決算時に損益勘定は繰越利益剰余金に振り替えられていますので、
（借方）仮払金1,000,000／（貸方）繰越利益剰余金1,000,000
仕訳を修正するとすれば上記のようになると思います。
また、会社が社長から返還を受けた時点で
（借方）当座預金1,000,000／（貸方）仮払金1,000,000
と仕訳します。
旅費交通費も同様にされたら如何でしょう。

なお、法人税等の追加納付分は既述の通りです。　　　　　

補足させていただきます。
税務署からすれば修正申告と追加納付をした時点で終わりであり、決算の訂正まで求めませんので、考え自体が間違いだと税務署から指摘されることはありません。
また、前述の修正であれば貸借対照表での修正となり、損益や所得計算には影響しませんし、ご懸念の預金が減っていて社長から補填してもらおうとすれば上記のような仕訳により明確に出来ると思います。

いろいろ教えていただきありがとうございます。
なんとなく、計算が合わないことに対する気持ち悪さがあり、教えていただいた内容で対応してみます。