仕入れと商品どちらを使用するべきですか？

ご質問の内容は、複式簿記における三分法と分記法という記帳方法の違いから生じるものであり、期末の商品残高が正しく記帳されていれば、どちらの勘定を使ったとしても正しい処理となります（正しく売上原価を算定できます）。

仕入でも商品でもどちらでも正しいですが、
事務処理の手間を考えて、毎回（毎月）の仕入の際には
「仕入」で処理し、期末の在庫分を「商品」で処理する方法が一般的です。

よろしくお願いいたします。