更生の請求　貸倒引当金減額　別表記載

当期利益は、当初の申告と同じです。
超過額が、4で加算になるはずです。
別表4 の当期利益は貸倒引当金繰入額を6000円控除し過ぎている金額を入力するということでしょうか。

いいえ、触りません。同じで行います。

別表四の一番上の欄は、決算した数字がうごかないので、当初申告の時の当期利益がそのまま入ると思います。
ソフトを使用していると言う事ですから、加算の欄と、減算の欄を用いて、結果的に一番下の欄が、「課題売上－６０００」の減額した所得になっていれば、正解が出ているのではないでしょうか。
回答作成中に先に回答されている先生がいらっしゃいましたが、もったいないので掲載しておきます。

竹中先生、坪井先生、早速のご回答ありがとうございます。追加でご教示ください。
売上の二重計上は売掛金の減少となるよう修正仕訳をしております。
そのため別表4の一番上の利益は、売上高は修正後の数字を反映し，貸倒引当金は当初の誤った数字を反映したもので良いでしょうか。
　

売上の二重計上は売掛金の減少となるよう修正仕訳をしております。
そのため別表4の一番上の利益は、売上高は修正後の数字を反映し，
上記はしてはいけない。
とんでもないことです。
貸倒引当金は当初の誤った数字を反映したもので良いでしょうか。
売掛金の修正からいけないことをしている。

決算報告書を修正するようなことはいけません。
二重計上は、新しい期で修正します。
ので、当期利益は変わりません。
　

竹中先生と同意見です。
少し厳しいことを追記しておきます。
おそらく、法人税申告書の仕組みを貴殿は理解されていないようです。覚えるまでは、お近くの顧問税理士をきちんと依頼して進めるのも検討すべきだと思います。
会社法や法人税法での書類の作成と保存等の分野でも、一歩間違えると、改ざんと同様の結果を招く処理方法にも窺えますから、ご注意願います。