不動産購入時の仕入税額控除について

建物価格は1000万円未満なのですが、この場合、消費税の仕入税額控除に含めても問題ないでしょうか。

非課税対応仕入れになります。

使用用途は、居住用での貸し出しとなり、数年後に売却を予定しています。

居住用なら、課税売上割合の問題があります。
控除から排除されます。
計算方法が難しいので、税務署の消費税の係に聞いてください。
間違うと厄介です。
現時点では、居住用でマンスリーで貸し出しており、非課税での売上があります。

上記記載。
法人自体は別の事業があるため、現状、課税・非課税の売上が混在している形になります。

上記記載。
課税売上割合95％や80％など要件があります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6401.htm

2 課税期間中の課税売上高が5億円超または課税売上割合が95パーセント未満の場合

課税仕入れ等に係る消費税額の全額を控除するのではなく、課税売上げに対応する部分のみを控除します。

したがって、「個別対応方式」、または、「一括比例配分方式」のいずれかの方式によって計算した仕入控除税額を、その課税期間中の課税売上げに係る消費税額から控除します。