「前期損益修正損」に対する法人税申告の別表4および別表5(1)への記入について

別表で調整するのであればおおむねご質問者様の認識でよろしいですが
一番簡単なのは、会計ソフトで（繰越利益剰余金）／（立替金）と一本仕訳を打つ、そして、別表５(1)期首の利益積立金の残高を上書き修正する（理由が過年度修正なら大きな問題ないでしょう）、のが良さそうです。

ただしfreeeで出来るかは確認しておらずそこはすみません。

別表４を通して調整する場合には、質問A-Cは問題ないですが、質問Ⅾは、翌期に別表調整は行いません。会計上と別表5の繰越利益剰余金は永遠に10万ズレますし、別表5(1)の前期損益修正損10万円も消えずに残ることになります

質問Eですが、申告に際しては特にありません、調査の時に説明できるように、過去の間違った仕訳のコピーでもあれば十分です。損金に落とさないので、課税庁も問題視しないと思いますのでご安心ください。

お忙しい中、早々にご返答をいただきまして、誠にありがとうございます。
別表4を通して調整する場合は、当方の理解で問題ないとのこと、ご確認をいただきまして、ありがとうございます。
ご提案いただいた「（繰越利益剰余金）／（立替金）」の一本仕訳について、以下追加でご教示いただけないでしょうか？

【質問F】具体的にはfreeeの振替伝票で「（繰越利益剰余金）／（立替金）」の一本仕訳をした後で、別表5(1)「利益積立金」の[期首現在利益積立金額]（2-①）および[減]（2-②）にそれぞれ100,000円と記入し、[差引翌期首現在利益積立金額]（2-④）に0円を記入するということでしょうか？

利益積立金の期首の残高を変えてしまうという処理です
前期末との整合性が取れなくなりますが、過年度修正だという整理なら認められるかと

正しくやろうとすると、どうしても辻褄が合わなくなってしまうのは事実です

ご回答、ありがとうございます。freeeの振替伝票で「（繰越利益剰余金）／（立替金）」の一本仕訳をした後、別表5(1)の[繰越損益金](25-①）の残高を前期末残高＋100,000円に変更すると言うことでしょうか？試しにfreeeの振替伝票で「（繰越利益剰余金）／（立替金）」として決算整理仕訳したところ、freee上では決算書の「損益計算書」で特別損失として計上されていた「前期損益修正損」100,000円は消え、当期純利益の額に変更はありましたが、「貸借対照表」や「株主資本等変動計算書」の繰越利益剰余金額は「前期損益修正損」で決算整理仕訳していた時と変わっていませんでした。何かしら別途の対応が必要ということでしょうか？もしくは、「（繰越利益剰余金）／（立替金）」として仕訳した場合も、結局のところは決算書における繰越利益剰余金額と申告書内の金額とのズレは永遠に発生し続けるということでしょうか？お忙しい中、度重なる質問で恐縮ですが、もしご教示いただけるようでしたら幸いです。

（繰越利益剰余金）／（立替金）の仕訳を切ると、利益剰余金の額が100,000減るので、それに合わせて、別表5(1)の期首残高も（足すのではなく）100,000円減らします。

こうすれば期末の時点での貸借対照表上の利益剰余金と、別表5(1)の利益積立金が一致するものと思われます。

P/Lを通すと、当初御想定の通り、別表4で調整しなければならないし、5(1)は永遠に汚いままになるので、このやり方が一番いいと思われます