決算報告書のどこを確認すれば良いのでしょう？

貸借対照表の借入金はいくらになっていますか。
1,500万円弱ではないですか。

ご質問内容からはご状況を推し測りかねるのですが、

借入金は通常、決算報告書の１ページ「貸借対照表」中の
「負債の部」内にある「長期借入金」勘定で管理します。
ちゃんとした人がやると「一年内返済長期借入金」を併用します。

つまり、「長期借入金」と「一年内返済長期借入金」の合計が
銀行借入金の残高と一致していれば正解となります。

一致してなければ、どこか仕訳をしていないか、
間違えているのでしょう。

ところで、公庫の６００万円は本当に返済したのでしょうか？
返済したつもりってことはないですよね？？

2期目の借り換え時の仕訳は次のようになります。
・現金預金 1500万 / 借入金 1500万 (○○銀行借入)
・借入金 600万 / 現金預金 600万 (公庫借入返済)

従って、借り換え完了時の借入金の残高は1500万円になります。
そして、2期目の決算報告書(貸借対照表)の負債の部には、借入金(短期借入金または長期借入金)の金額として1500万円から2期目に返済された元金の額を差し引いた金額が計上されているものと思われます。
ご確認下さい。

そして、2期目の決算報告書(貸借対照表)の負債の部には、借入金(短期借入金または長期借入金)の金額として1500万円から2期目に返済された元金の額を差し引いた金額が計上されているものと思われます。

⇒それが、そのようになっていません。
2期中に、1500万円借り入れ、公庫に600万円返済しました。
けれど、貸借対照表の1期は、公庫の600万円、2期決算は、長期借入金1500万円となっています。

仕分けが抜けていますよね？

公庫の返済の仕訳が漏れています。

2期目の決算書の借入金残高が1500万円になっていれば問題ないと思います。
公庫の返済の仕訳が漏れていれば2期目の借入金残高は2100万円になるはずです。
・設立時：借入金ゼロ
・１期目の期末：借入金残高600万円(公庫分)
・2期目の銀行借入時：借入金総額2100万円(公庫分と銀行分)
・2期目の公庫返済時：借入金残高1500万円(銀行分)
このようになりますので、2期目の借入金残高が1500万円であれば、問題はないと考えます。
私が述べた「1500万円から2期目に返済された元金の額を差し引いた金額」とは、「1500万円の銀行借入金の元金で返済した金額」という意味ですのでご留意ください。