原因不明の資産負債科目の処理について

資産、負債の不明事項ですね。
新しい顧問税理士が決まったら、不明事項、不明金額を列記し説明された方が良いです。
法人税法では、経費を計上するタイミング、金額を決めています。
タイミング、金額を間違えると申告書別表4で加算調整になるかと。
顧問税理士の判断を聞くべきだと思います。

税理士に任せっきり、説明していない、説明を聞いていない、話していない会社様には、そのような決算書が見受けられます。
これを機に税理士と話す時間を設けられるといいですね。

追加になりますが
不明事項を仮払金、仮受金に計上し相殺は、差額分を雑費や雑収入で処理ですが、
法人税法上は、総額主義です。
仮払金全額が損金不算入、算入
仮受金全額が益金算入、不算入と考えます。
実際は個々の科目、取引で考えますが、差額で調整にはなりませんので、注意してくださいね。

ご回答ありがとうございます。
申し訳ございません。もう少し踏み込んで質問させてください。
私の考え方は、例えば売掛金の調査をし結果的に100万円分が
不明な金額が発覚したとして、仮払金／売掛金　100万円と
科目を振替ます。次に買掛金について調査後に80万円が不明といった事がわかり
買掛金／仮受金　80万円と科目を振替ます。
そこで最終　　買掛金　８０万円　／　　仮払金　１００万円
　　　　　　　雑　費　２０万円　／　
の仕訳を起こして２０万円を別表４で損金不算入、加算。と考えていました。

総額主義の処理というのは　雑費　／　仮払金　１００万円
　　　　　　　　　　　　　仮受金／　雑収入　　８０万円
別表４で　雑費分１００万円を損金不算入で加算
　　　　　雑収入は益金算入する前提なので、別表4では調整なし。
ということでしょうか？

お手数をお掛けし申し訳ございませんが宜しくお願い申し上げます。

総額主義の処理というのは　雑費　／　仮払金　１００万円
　　　　　　　　　　　　　仮受金／　雑収入　　８０万円

→そうです。

そこで最終　　買掛金　８０万円　／　　仮払金　１００万円
　　　　　　　雑　費　２０万円　／　
の仕訳を起こして２０万円を別表４で損金不算入、加算。と考えていました。

→これは、８０万円の損金算入、８０万円の益金算入を認めていることになります。
そして、その根拠はありますか？と指摘がきます。


また、売掛金不明１００万円を仮払金に振替えることもよくありません。売掛金を仮払金に変更した理由は何ですか？となると思います。

まず、売掛金が計上されたときの相手科目は何だったでしょうか。普通は売上を想定するでしょう。
スタートは売掛債権として法人税法上の適用を検討します。
法人税法は、売掛金の貸し倒れを認める要件・時期も細かく決めています。これらの法律や根拠を示せずに処理をすることは、実務ではしないでしょう。
また、金額がどの程度によるかで影響も変わってきますので、次の顧問税理士に説明できるように準備を進めることが良いかと思います。

会計事務所にお勤めだったとのことなので、専門用語で回答しています。残高が合わないことは気になると思いますが、顧問税理士の判断に任せる内容ですね。

詳しいご説明ありがとうございます。
今まで、このような変則的な決算書を見たことがなかったもので…。
以前勤めていた会計事務所にも同じような事を言われました。損益が影響してしまうような
調整は本来すべきではないとの事で。
場合によっては役員借入に振ってしまう方法かなぁ。とも言われましたが、状況的に
資産側がプラスになりそうなので役員貸付に振る事になってしまいそうです。
社長は繰越欠損金がそこそこ残ってるから仮に自己否認しても文句言われないのでは？
ともいわれたのですが、馬場先生のお話を聞いていると怖くなってきましたので
触らない方がマシかもしれません。
了解しました。とりあえず不明点を解消できるところまで解消し、あとは税理士事務所に
任せようと思います。

現実問題、税理士事務所側は一般的に、こういう状況の場合、どういう処理をされるのか
参考にしたかったのですが、答え辛いグレーな質問で申し訳ございません。

ここまでヒドイ決算内容の上、前期の法人税申告書に33条の書面添付までされていて…。

変則的な決算書
会計事務所側はお客様からもらった資料通りの決算書を作成していたが、実は貸借対照表の実地調査をしたら、簿外資産・負債があった、架空資産・負債があったということは、よくあります。
と言うのも会社側が会社事務所に伝える内容だと思わなかった、いえなかった、隠したかった等、様々な事情があったのでしょう。したがって、今まで見てこられた決算書も実地調査をしたら実は、、、はあるかもしれません。

実地調査をされたことはありますか？
今回、会社の経理となり、今までの知識から違いに気づかれたのではないでしょうか？
しかし、今回、質問者様が経理になったことで気付けたので、それは良かったと思います。
貸借対照表は、会社の資金繰り経営状況を見るために非常に大切です。
また、銀行に提出している場合は、場合によっては会社事務所への追求もあるかもしれません。

このようなことを考えて、差異をなくす処理を考えている税理士も多いと思います。
私の場合は、会社の経営状況、資金繰り、社長の考え、社長の年齢、相続、あらゆることを社長と話し合い、処理を検討すると思います。場合によっては繰越欠損金の利用、または納税となる処理となるかもしれません。しかし、極力、法律に根拠付けて取引先からも資料を集めたりと証拠資料、根拠資料を作り損金算入をする努力をします。重要なのは損金算入の根拠だと思うので。

ぜひ、より良い経営になるよう取り組まれるといいなと思っています。

親身になってご説明頂きありがとうございました。
不明な部分につきましては、今後良い税理士事務所様との関係を築き
解決策を練っていこうと思います。
長期的にご対応頂き大変参考になりました。
もちろんベストアンサーです！！