決算について

　　回答します

　　現金出納帳がマイナスとなった原因として
　　①　口座からの出金を現金入金として処理していないこと
　　②　社長が個人のお金から支払ったものを、会社の帳簿上、経費の出金部分のみ記載し出金額に見合う入金の仕訳（現金　/短期（役員）借入金）をしていなかったこと
　　などが考えられます。
　　　　
　　現金出納等は、本来は現金残高と出納帳残高を都度併せていかなければならないものですが、その管理はどのようになっていたのでしょうか。

　　「口座のなかには・・・・」のお話が良く分からなかったのですが、まずは、口座の動きと帳簿（総勘定元帳の「普通預金」勘定）の動きと残高を合わせることから始めると良いと思います。
　　口座から現金を出金した時し、仕訳（現金/普通預金）がもtレ禎太可能性があります。
　　※当然現金出納帳上は「入金」となります。
　　
　　次に、現金出納帳（現金勘定）を合わせます。
　　他の勘定と違い「現金」はマイナスになることはありません。
　　そのため、とりあえずは社長の了解を得たうえで、マイナスになる前に、出金額以上の金額を社長から借りた処理（仕訳）をした上で、最終的な現金残高と合わせていくようにしすることになります。
　　

先の回答もありますが、追加しますね。
質問内容から想像すると、社長個人が立替え領収書やレシートを現金出納帳に記録をしたらマイナスになったのでしょうか？

もしそうであれば、
1.エクセルなどで経費精算書を作成し、一枚にまとめます。
※一月毎、出してきたタイミングで何枚かをまとめてよい。
※経費精算書一枚の合計額を記載

2.1の合計額を現金か預金通帳で、社長に払う

3.支払い日で、現金出納帳、預金通帳の帳簿を入力する

現金マイナス分を社長からの借入れとし、マイナス分を預金通帳から引き出し社長に返済しても良いです。しかし、これだと後から社長はいくら立替えたか分かりづらいです。社長1人の会社なら良いですが、別に経理がいて会社に現金を保有しているなら、経費精算書を作成されると管理しやすくなります。
　

おふたりとも丁寧な回答ありがとうございます。

少しでもお役に立てましたら幸甚です。