合同会社会社名義口座からの引出し資金の処理について

どういった目的で支払っているのか文面からはわかりませんが、会社が役員に対して業務委託をするということは会社法上あり得ません。
役員報酬でなければ役員貸付金でしょう。当然、役員から会社に利息を支払う必要があります。

ありがとうございます。貸付金にする場合は、遡って引き出した事に金貸証書を作成しないといけないのでしょうか？または、期末に合計額で金貸をつくり、利息計算は別途管理することでも問題ないのでしょうか。

貸付金にするのであれば金銭消費貸借契約書は作成した方が良いでしょう。
期末に利息を一括で支払うのであれば期中の平均貸出残高を算出する必要があります。
なお、貸付金残高が積み上がり、実質的に返済ができないと判断された場合は、役員給与（法人は損金不算入、個人は給与所得課税）認定され、法人は遡及して源泉徴収義務を義務を負うことになるリスクがあります。