インボイス開始後の免税事業者の経費計算について

そのため、2023年度分の確定申告時には10月から課税事業者に変更することなく、一年全体の収入・経費を免税事業者として申告することになると思うのですが、この場合の収入の計算方法は「税込みの金額」で計算すればよろしいでしょうか？

全くいつもと同じ計算をします。

2024年1-12月の分も、全くいつもと同じように計算します。消費っ税だけ閥に計算して、申告・納付します。R6.3.31までに。この金額をR5年の経費に入れるためには、
R5.1-12月の所得税の申告の際に、貸借対照表を付けて、未払消費税の金額を入れて、租税公課に入れます。

また、経費はインボイスが始まる前の9月30日までの分については、インボイスなしで経費に計上してもよいのでしょうか？

インボイスがあろうがなかろうが、いつもと全く一緒です。何も変わりません。インボイウ巣は、消費税の計算のみ関係します。