就活で返金された交通費は給与を数える際に含めるのか

就活で返金された交通費は労働の対価ではないため、社会保険の扶養内の判定には関係がないと思います。
確実な回答は弁護士又は社会保険労務士にお尋ねください。

領収書を提出して全額返金された交通費について：

領収書に基づいて実際に支払った交通費が返金される場合、これは実費弁済とみなされ、給与所得には含まれません。したがって、課税対象にはならず、103万円や130万円の壁には影響を与えません。
エリアによって一律で支給された交通費について：

こちらの交通費は、その支給基準が一般的に一律であるため、課税対象となる可能性があります。この場合、給与として扱われ、所得税やその他の税制上の非課税限度額を超える場合には課税対象となります。通常、月最大15万円までは非課税とされますが（公共交通機関利用の場合）、詳細については年金事務所に確認することが望ましいです。